Esse é o comportamento do site do Youtube e, infelizmente, não há soluções alternativas além das seguintes:
Modifique o URL do vídeo que você está visualizando:
https://www.youtube.com/watch?v=mbOEknbi4gQ
Para isso:
https://www.youtube.com/v/mbOEknbi4gQ
O vídeo será exibido em tela cheia nativamente e você poderá usar o modo de tela cheia do Chrome sem o "bug" de redução quando clicar em outro lugar.