Da próxima vez, tente fechar e reabrir o processo (hehe, que clichê ...)
O motivo é que, quando um processo é iniciado, todas as variáveis são gravadas em seu próprio espaço de endereço.
Se você estiver alterando as variáveis User \ System - o cmd.exe aberto (por exemplo) não obterá os novos valores, mas um novo processo cmd.exe ...
gl,
Refael