Depende totalmente da combinação do hardware, dos drivers e do software que lida com o ambiente da GUI (o chamado gerenciador de exibição) e, finalmente, do software aplicativo que está exibindo o material.
Cada um deles pode (mas não necessariamente) forçar um novo sorteio (com o flicker) da tela.
Normalmente (no Windows) a primeira oscilação ocorre quando o driver de vídeo reconfigura o hardware para a nova resolução.
Em muitos casos, o chip de vídeo precisa parar de ser exibido. E, em seguida, 1 ou mais quadros de exibição depois, comece a produzir saída no novo formato.
O monitor verá uma breve desconexão / reconexão da placa de vídeo e se reajustará de acordo (veja também a resposta da fooot).
Na maioria dos casos, o conteúdo da memória de exibição também não é mais válido, de modo que o resultado também seja limpo. Normalmente para uma tela preta.
Então, em uma segunda etapa, o próprio Windows redesenha todos os componentes de exibição na nova resolução. Como o Windows não sabe o que está presente no display-buffer neste momento (não tem como saber se o driver de vídeo está ou não em branco o buffer de vídeo) isso geralmente começa com uma nova tela em branco no padrão cor de fundo. Em seguida, o Windows adiciona a barra de tarefas, o papel de parede, etc.
Isso pode causar um pouco mais de flicker visual.
E, finalmente, a execução de aplicativos pode fazer um novo sorteio para se reajustar ao novo tamanho de exibição. (Especialmente se estiverem executando maximizado / tela cheia ou encaixados nas bordas da tela).
Para resumir: Alguma cintilação é relacionada ao hardware de vídeo, alguma cintilação é relacionada ao redesenho de software.
Por último, mas não menos importante:
Algumas pessoas são muito mais sensíveis a esse tipo de coisa do que outras.
Às vezes é (literalmente) "no olho de quem vê".
Algumas pessoas dificilmente notam, outras acham irritante.