Não é 100% claro para o que você está se referindo, mas o termo "protetor" no contexto da GPT geralmente se refere à "MBR protetora" ou à "partição de proteção", que é basicamente um MBR comum com uma única partição do tipo 0xEE que abrange todo o disco (ou tanto quanto é válido para o MBR, no caso de um disco com mais de 2 ^ 32 setores). A intenção do MBR protetor é impedir que as ferramentas que não usam GPT mexam no disco, já que as partições real são definidas em outro lugar. Se alguém excluísse a partição protetora usando uma ferramenta que não reconhece o GPT, o resultado seria que a maioria das ferramentas reconhecidas pelo GPT (incluindo programas de particionamento e sistemas operacionais) identificaria o disco como não particionado, embora alguns detectassem os dados restantes do GPT e oferecer uma opção de recuperação. Em qualquer caso, a exclusão da partição de proteção em um disco GPT é uma idéia ruim (a menos que você deseje limpar completamente o disco). Observe que nada disso tem nada a ver com o Windows, exceto no que diz respeito ao Windows Vista e, posteriormente, ao GPT, e a maioria dos computadores fornecidos com o Windows 8 usa o GPT em seus discos de inicialização. Mac OS X, Linux, FreeBSD e outros sistemas operacionais também entendem o GPT.
Se você tiver destruído um disco ao excluir seu MBR de proteção, tente usar meu utilitário GPD fdisk ( gdisk ) nele. gdisk é uma das ferramentas de particionamento que procura dados da GPT e ajudará a recuperá-lo nesse tipo de situação. Se o disco foi mais danificado ao apagar os dados da GPT, ferramentas como o TestDisk podem criar uma nova tabela de partições baseada no sistema de arquivos. dados que eles podem detectar.
Para saber mais sobre as estruturas de dados da GPT, leia a página da Wikipedia sobre a GPT