Os arquivos em lote são realmente uma sequência de comandos que, quando o arquivo em lotes é clicado ou executado duas vezes, executa esses comandos em ordem.
Para criar um arquivo de lote, use um programa como o Bloco de notas, como

Opromptdecomandoexecutaráocomandocdprimeiroe,emseguida,ojava,edepoisqueoprocessojavaforfechado(quandooaplicativoforfechado),opromptdecomandoseráfechadoautomaticamente.Sevocênãoqueresperaroaplicativoterminar,vocêpodefazerstartjava-jarSystem.jar,eissoirádizeraopromptdecomandoparanãoesperar,eadicionandoumpausenofinalirádizerparaesperar.
Agoravocêpodesalvaroarquivo,indoparaacaixadediálogoArquivo->Salvarcomo...edepoisdeselecionarAllFiles(*.*)notiposalvarcomoenomeie-o,lembrando-sedeteraextensão.batnofinal.
Depois de abri-lo, podemos ver que os comandos foram executados (adicionei uma pausa no final do meu).