Se você está inicializando ao vivo a partir de um USB ou CD, você pode ler / gravar na partição do Windows. Portanto, você pode estragar alguma coisa, se estiver mexendo com arquivos do sistema na partição do Windows.
Você pode jogar com segurança no ambiente do sistema operacional Linux, mas não toque nos arquivos de sistema do Windows ou brinque com as partições (a menos que você saiba o que está fazendo), e você estará bem.