Sim, falhará mais cedo. Quanto mais você usar algo com peças mecânicas, mais desgaste se acumulará e, portanto, falhará mais cedo.
Agora, isso não significa que irá falhar em uma semana ou um ano ou em 5 ...
IMO, se você encontrar tempo para começar a incomodar, deixe a unidade ativa. Apenas certifique-se de fazer backups quantas vezes forem necessárias.