Isso é causado pelo fato de que, ao definir uma variável, você não deve prefixar com $. Aqui, o $ NODE_CONFIG_DIR é expandido em nada (como está desfeito) antes de executar a linha, o que faz você executar export =/Users/full/path/to/script/config
. O script deve ser
#!/usr/bin/env sh
export NODE_CONFIG_DIR=/Users/full/path/to/script/config
cd /Users/full/path/to/script
/usr/local/bin/node main