Espero que algo assim seja o que você está procurando, já que não temos muitas informações sobre suas restrições e sua estrutura de árvore.
for /r c:\source\ %x in (*.pdf) do copy "%x" "c:\target" /y
Aqui, estou assumindo que Folder ABC
, Folder PQR
(e assim por diante) são todas subpastas de algo como c:\source\