Por padrão, os cabeçalhos do kernel não estão instalados. Isso é porque eles não são necessários para o software dos repositórios oficiais do Ubuntu. Eles são necessários apenas para compilar módulos do kernel, o que não é o que o usuário médio faz.
Instruções sobre como instalá-las, tiradas de aqui :
sudo apt-get install linux-headers-generic
/usr/include/linux/version.h faz parte do pacote linux-libc-dev . Faz parte da instalação padrão do Ubuntu.