Você pode usar outro software que funcione.
HijackThis e Autoruns funcionam como o msconfig. Eles listam os programas que são iniciados e permitem que você selecione aqueles que devem ter suas entradas de início automático removidas.
HijackThis é um pouco rudimentar, mas funciona muito bem para a maioria dos problemas. O Autoruns é fornecido pela Microsoft e suporta todas as formas possíveis de programas de início automático. As chances são de que o programa que você tenta desativar usa métodos que não são suportados pelo msconfig. Dê uma chance a essas duas ferramentas e você deve estar pronto.