Supondo que você encolheu o disco corretamente com o GPT, a causa provável seria você substituir seu gerenciador de inicialização. O bootloader do Windows (Longhorn, acredito) não detecta discos do Linux ou os adiciona ao menu de inicialização. Dito isto, no entanto, se você abrir o gerenciador de dispositivos - ele deve mostrar uma parte não reconhecida do disco ausente (igual ao tamanho do seu Mint).
Eu não tenho certeza de qual versão do grub você usa (Supondo que você use o grub), então você precisaria voltar e re-configurar o GRUB.
How to Reinstall Grub into MBR
I would summarize this, but it's a bit long.