Chkdsk deixando a questão de lado: é uma regra muito razoável evitar chocar um disco rígido o máximo possível, especialmente enquanto ele estiver em execução, como no seu caso. Confira como os HDDs são construídos e você verá o porquê: a cabeça paira muito de perto acima de um prato giratório e qualquer choque pode fazer com que a cabeça arranhe a superfície. E você quer evitar isso:)
Não sabendo onde o mencionado 'aqui' é, é bastante difícil recomendar deixar o equipamento durante a noite. Se é seguro deixar o computador onde quer que você esteja agora, é melhor deixá-lo lá e voltar de manhã do que levá-lo em uma mochila com um disco rígido giratório.