Uma pequena correção de terminologia - "inicialização dupla" significa que você seleciona de um gerenciador de inicialização no momento da inicialização qual sistema operacional carregar, e apenas um sistema operacional é executado de uma só vez. Você está falando sobre virtualização .
O que significa "tempo real" significa que ele irá responder a interrupções em um determinado período de tempo.
Não tenho certeza de como a CE consegue isso (se isso acontecer) no X86. O X86 tem pelo menos interrupções de gerenciamento do sistema , que são projetadas para ocorrer sem o conhecimento do sistema operacional ou a capacidade de parar (a plataforma PC normalmente permite um método para desativar os NMIs, mas não os SMIs). Isso permite que o BIOS controle os ventiladores e responda a emergências térmicas, sem depender do sistema operacional, e foi usado por fabricantes de hardware no passado para emular hardware (procure por "MediaGX"). Portanto, quando o X86 recebe um IRQ, a resposta pode ser atrasada completamente fora do conhecimento ou controle do sistema operacional, fazendo com que um sistema operacional em tempo real perca os prazos para resposta de IRQ.
Acrescente um hipervisor de virtualização (VirtualPC) em execução no SO (Windows) e a situação fica muito, muito pior.
Portanto, se você tiver um aplicativo dependente dos recursos RTOS do CE, não acho que funcionará no Virtual PC.