Você não pode "não compartilhar" pastas filhas se a pasta pai for compartilhada.
Sua melhor aposta é alterar as permissões nas pastas. Portanto, para as pastas que você não deseja que os programadores acessem, remova suas permissões na pasta ou negue-lhes explicitamente os direitos da pasta. Remover permissões geralmente é o que é feito; negar permissões é geralmente evitado.