Você precisa definir essa configuração em Configuração do usuário e, em seguida, aplicar o GPO à UO apropriada e filtrá-lo para que ele segmente somente os usuários para os quais você deseja desabilitar a política.
Por exemplo, crie um grupo de usuários Disabled Windows Update
. Atribua todas as contas de usuário que você deseja desativar as Atualizações automáticas para este grupo. Então, ao aplicar o GPO, o filtro de segurança a esse grupo.
O GPO relevante deve estar em: User Configuration\Administrative Templates\Start Menu and Taskbar
a configuração é Remove links and access to Windows Update