bios está na placa-mãe e, entre outras coisas, decide qual dispositivo (leia-se: harddrive, usb stick ou cdrom) deve ser usado para inicializar. Ele então passa para o código no setor de inicialização (MBR) dessa unidade, que inicializa o sistema. Muito provavelmente você não tem o sistema configurado para tentar inicializar a partir da unidade correta primeiro.
Mas não, formatar sua unidade não perderá sua BIOS, as duas coisas são sistemas fisicamente distintos.