Existem duas causas possíveis
- Seu disco rígido está falhando e ele está constantemente tentando reler os setores para obter uma boa leitura, se um dos arquivos de inicialização no Ubutntu tivesse o setor defeituoso, levaria o mesmo tempo
- O Windows inicializou, mas você está aguardando um monte de serviços que começam com a inicialização. Isso não é culpa do Windows, você pode atolar o Ubuntu com o lixo com a mesma facilidade.
Para o primeiro problema, eu recomendo uma ferramenta como o SpinRite , ele passará pelo disco rígido e tentará para detectar e recuperar todos os setores defeituosos e tentar detectar e corrigir setores que estão indo mal. Eu tive servidores que levaram meia hora para inicializar o que mudou para 1min 30 depois de rodar o SpinRite nele.
Para o 2º problema, você pode usar o Windows Performance Toolkit para medir o que está demorando para inicializar e decidir se esse programa precisa ser desinstalado ou tem uma atualização para acelerar as coisas.