EDIT: Você pode habilitar a terminação de linha Unix no Notepad ++ em Editar - > Conversão EOL - > Formato Unix.
Um dos problemas mais comuns com compatibilidade de arquivos de texto entre sistemas Unix e Windows é que a noção de terminação de linha do Windows é CRLF (carriage-return + linefeed, ascii 13 e 10), enquanto Unix usa apenas LF (10). Isso provavelmente está causando um erro como ./foo.sh: bad interpreter: /bin/sh^M: no such file or directory
.
Existe um utilitário chamado dos2unix
que irá converter qualquer arquivo existente para você, no lado do Ubuntu:
apt-get install dos2unix
dos2unix myscript.sh
Isso modifica o arquivo no local para remover os CRs.