O MBR, no caso de tabelas de partições no estilo DOS, está sempre presente na unidade como uma coleção muito pequena de setores no início da unidade.
Não é uma coisa para se livrar, porque contém, além do código de inicialização, a tabela de partições da sua unidade. Perder significa que os dados em seu disco, embora intactos, são muito mais difíceis de serem acessados (a maioria dos sistemas operacionais que vi reportam um formato incorreto e o Windows pergunta se você deseja formatar a unidade se ela não aparecer) entender a tabela de partições).
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Editar: desde que você editou a pergunta, atualizarei minha resposta; dd pode limpá-lo. Inicialize em um linux livecd e em sua execução de unidade de dados desmontada;
dd if=/dev/<path to data drive> of=/dev/<somewhere safe on windows drive>/mbr.img bs=512 count=1
Isso lhe dará um backup de 512 bytes do MBR, incluindo a tabela de partições, caso algo dê errado.
Para limpar o bootstrap de 446 bytes:
dd if=/dev/zero of=/dev/<path of data drive> bs=446 count=1 seek=0
Dependendo do que você está tentando alcançar, você pode querer apenas limpar os primeiros 440 bytes do MBR. Os 4 bytes seguintes aos primeiros 440 bytes contêm a assinatura de disco exclusiva do Windows que você pode querer manter. Para limpar apenas os primeiros 440 bytes, use este comando:
dd if=/dev/zero of=/dev/<path of data drive> bs=440 count=1 seek=0