Essas notificações não são provenientes do próprio serviço, elas são provenientes do cliente. A opção "lembre-me depois" apenas minimiza o cliente para a área de notificação, não faz o cliente sair.
Se você parar o serviço e depois eliminar a instância de wuauclt.exe
em execução no contexto do usuário, as notificações poderão desaparecer, desde que nenhum outro software inicie o serviço novamente. Por exemplo, o Microsoft Security Essentials usa o Windows Update serviço para verificar as atualizações de definição e provavelmente o reiniciará periodicamente se ele não estiver em execução. Como Mark já sugeriu, você pode desativar o serviço para impedir que isso aconteça.
Uma solução mais simples é arrastar a janela do lembrete para fora da borda da tela para que fique fora do seu caminho.