Ambas as abordagens têm suas vantagens. PCI ou PCIe não deve importar, já que o PCI pode lidar com as velocidades que as conexões sem fio precisam facilmente. Como com a outra resposta, eu decidi baseado em slots disponíveis, e uso o slot mais lento para isso, se possível
O USB é bastante veloz para a tecnologia sem fio, mas tem a vantagem de oferecer melhor flexibilidade do que os adaptadores internos.
Eu prefiro interno para um desktop desde que eu não vou removê-lo, e projetando coisas tendem a ser pego e danificado.
Se eu quiser trocá-lo entre sistemas (como parte de um kit de ferramentas de teste ou para um laptop mais antigo), então eu usaria o USB