Eu acho que você deve experimentar o comando buit-in do Windows 7, o robocopy, que tem muitas opções. Execute robocopy /?
para ver todos eles.
Eu começaria com este comando:
robocopy /mir c:\source d:\target
e, em seguida, execute novamente para ver se ele faz o que você precisa fazer. Se não, pode haver uma opção de linha de comando adicional que funcionará.