Você copiou os arquivos para as unidades TrueCrypt, então por que você espera que os arquivos originais desapareçam? As unidades TrueCrypt se comportam como unidades normais e criptografam apenas os dados dentro delas.
Arrastar e soltar com o botão esquerdo entre unidades diferentes copia os arquivos. Se você clicar com o botão direito do mouse em arrastar e soltar, poderá optar por se mover.
Mas mesmo se você mover os arquivos e eles desaparecerem da unidade original que ainda não é segura. O Windows não apaga arquivos com segurança. Portanto, o conteúdo ainda está disponível no disco rígido em formato não criptografado, mesmo que não seja mais referência ao sistema de arquivos.