Quase todas as minhas unidades de dados USB também contêm um sistema ativo, geralmente o System Rescue CD. Mas eu adicionei uma pasta de dados depois de criar as unidades de inicialização.
Em teoria, não há necessidade de limpar os dados: uma unidade USB de instalação é apenas um sistema de arquivos + uma árvore de arquivos + código de inicialização no registro / setor de inicialização principal da unidade. Pode transportar e manter todos os tipos de outros dados.
Na prática, tudo depende do procedimento. Você poderia de fato transferir manualmente o conteúdo do ISO + manualmente instalar o grub.
Eu não conheço ninguém que faça isso com o Ubuntu, e parece-me que nenhuma das respostas anteriores se refere a isso.
Isso sai usando as ferramentas criadoras de inicialização da interface gráfica.
Com a ferramenta padrão do Ubuntu, eu também sempre tenho erros tentando evitar a supressão da unidade. Se você procurar por relatórios de bugs informais nos fóruns, encontrará muitos deles.
Os criadores de discos de inicialização alternativos, como o unetbootin, parecem também limpar o disco.