Sim, isso também me irrita.
O que está acontecendo no meu caso com o xfce é que o Nautilus está se registrando automaticamente com o gerenciador de sessões e dizendo ao gerenciador de sessões para reiniciar o Nautilus quando ele terminar. Você pode impedir que isso seja feito usando a seguinte opção de linha de comando não documentada:
nautilus --sm-disable
(Não há entrada ~ / .config / autostart.)
No entanto, ainda não encontrei como fazer com que ela se comporte como um aplicativo normal e termine quando sua última janela for fechada.
Além disso, você pode evitar que o Nautilus gerencie a área de trabalho alterando a chave de registro / apps / nautilus / preferences / show_desktop.