Minhas preferências são nesta ordem: perl, vim (vi, gvim, etc.) comandos de substituição, sed e awk.
perl é um programa de software pesado que pode fazer matemática também. Consulte o link para obter mais detalhes.
Vi é o conhecido editor de texto que todos os sistemas * ix possuem (Linux, Unix, etc.), que, aliás, podem fazer alguns scripts agradáveis.
Sed é, bem, veja link
Awk (gawk e seus irmãos) é, bem, veja link
... quase esqueci. O melhor absoluto, e com um preço a combinar, é o PowerGrep. Sem dúvida, a maneira mais fácil de formular consultas complexas e substituições de texto em arquivos DOC, TXT e outros.