Você não pode "desativar" o .NET - o CLR é um componente básico do próprio Windows. Você pode desinstalá-lo no Windows XP (não em versões posteriores, e somente porque o Windows XP não vem com o .NET em primeiro lugar), mas essa é a única solução. E muitos aplicativos simplesmente deixarão de funcionar sem o tempo de execução instalado.
Deve-se observar que aspnet_regiis.exe -u não não desativa o tempo de execução do .NET. Desativa o suporte ASP.NET nos Serviços de Informações da Internet (que você não deve executar no Windows XP, de qualquer maneira). Os aplicativos .NET ainda serão executados mesmo depois que o switch for aplicado.
Finalmente, devo salientar que o .NET é como o Flash ou o Java - é uma biblioteca básica necessária para que muitos aplicativos úteis funcionem. Não há realmente nenhum motivo para desativá-lo, assim como não há motivos para banir todos os controles da caixa de seleção.