É muito mais provável que os vídeos em questão tenham áudio codificado em um formato que o MPC não reconhece, mas o VLC faz ... Se alguns arquivos são reproduzidos bem em ambos, isso não é um problema de hardware.
Encontre dois arquivos, um com áudio em ambos os players, um só com o VLC. Abra cada um no VLC e olhe para a janela "Stream Information" para o codec de fluxo de áudio ... Existe onde a diferença existe.