Existe um motivo específico para fazer o upload de um ZIP e depois descomprimir?
Eu uso Além da comparação , que possui um mecanismo de FTP embutido para comparar meu diretório local de fontes da Web ao diretório remoto de FTP.
Isso destaca quais arquivos foram alterados e eu só faço upload deles.
O FileZilla é um cliente FTP gratuito que também possui um recurso de comparação de diretórios