Até onde eu sei, o Total Commander não tem recursos de versionamento de arquivos, backup ou lixeira.
Se o seu PC contiver originais / cópias dos arquivos, use o Total Commander para reenviá-los para o site.
Se não, peça ao administrador do servidor web para restaurar os arquivos do backup.
Se você não tiver backups, recrie os arquivos.
Se os arquivos não puderem ser recriados e forem muito valiosos, mande o servidor imediatamente e o envie para um especialista em recuperação de dados.