Você deve adicionar essas linhas ao seu arquivo ~/.pam_environment
(crie-o se ele não existir)
PATH DEFAULT=${PATH}:/opt/jdk1.7.0_40/jdk1.7.0_40/bin
JAVA_HOME DEFAULT=/opt/jdk1.7.0_40/jdk1.7.0_40
O uso de .bashrc
não é recomendado no link acima.