Confira TweakUI , não pude viver sem ele. Tem a opção de impedir que os aplicativos roubem o foco:
Tenha em mente que isso não funciona o tempo todo. Os desenvolvedores de software têm muitos truques bacanas que usam para colocar suas janelas em foco. Acho que funciona para a maioria das coisas, deixe-me saber como é o Chrome!