Eu descobri que a chave de registro
HKU_CLASSES_ROOT\.zip
A tecla tinha um tipo de conteúdo "text \ xml". Eu mudei para "application / x-zip-compacted" e o IE agora baixa arquivos zip corretamente. Eu tenho o XMLSpy 2010 instalado e minha teoria é que a instalação do XMLSpy causou esse problema.
Para corrigir isso, execute regedit.exe e navegue até a chave listada acima e altere o Tipo de Conteúdo para "application / x-zip-compacted" (remova as aspas).