Existe o FILETIME, que tem 64 bits int, representando 100 intervalos de nano segundo desde 1 de janeiro de 1601. Isso dura um tempo ridiculamente longo, já que 64 bits é um número enorme.
Considerando que CTIME (Unixtime) é um int de 32 bits assinado, representando segundos desde 1 de janeiro de 1970.
A melhor pergunta é "ONDE" o Windows usa cada formato? Cada coisa que armazena tempo, potencialmente pode usar qualquer representação de tempo que eles querem também.
O AD usa o mesmo que o sistema, o sistema de arquivos, etc? Interesse-se pela resposta a essa pergunta!