O segundo slot suporta apenas 8 faixas. Esta é uma limitação do chipset P67 Express no qual esta placa-mãe está baseada.
Uma GPU GeForce GTX1060 será, sob condições normais, pressionada para exceder a capacidade dessas 8 pistas, mesmo que essa placa de vídeo seja classificada como "16 pistas".
Em um benchmark de gráficos, você será capaz de ver a diferença, mas esses benchmarks raramente são um bom indicador de como a placa "sente" durante o jogo. Eles medem o desempenho teórico bruto em um cenário planejado.
Ainda não se sabe se você notará muita diferença enquanto estiver realmente jogando.
Apenas tente por si mesmo. Execute um par de sessões de jogo com o cartão no primeiro slot e um casal com o cartão no segundo. Se a segunda slot acabar por ser realmente decepcionante, volte a colocar a carta na primeira slot. Nesse caso, você poderia tentar aumentar o fluxo de ar sobre o cooler do processador (e a parte de trás da placa de vídeo), instalando uma melhor cpu e / ou case-fan.