Use
ffmpeg -i INPUT -map 0 -c copy -c:a libfdk_aac -c:a:0 copy -ac 1 OUTPUT
Você só precisa mapear um stream uma vez. É a ordem das opções de codec que devem ser configuradas corretamente. Primeiro definido para copiar todos os fluxos. Em seguida, substitua a configuração de áudio com o codificador, mas depois restaure o primeiro áudio para copiar novamente.
Veja a lógica genérica que se aplica às opções que usam especificadores de fluxo, por exemplo, -b:v, -c:a -map 0:s:1
..etc
Digamos que você tenha três fluxos de vídeo e três fluxos de áudio, mapeados na ordem da primeira coluna. A tabela abaixo mostra o que acontece quando você aplica opções na ordem da primeira linha:
(stream) -c copy -c:a:0 aac -c:a libfdk_aac -c:4 mp3
0:v:0 copy copy copy copy
0:v:1 copy copy copy copy
0:v:2 copy copy copy copy
0:a:0 copy aac libfdk_aac libfdk_aac
0:a:1 copy copy libfdk_aac mp3
0:a:2 copy copy libfdk_aac libfdk_aac