Isso funciona para mim com Lubuntu 14.04 e Geany 1.23.1:
Abra o Geany. Clique em Edit , Preferences e, lá, veja a guia Startup . Certifique-se de que a opção "Ativar suporte a plug-ins" esteja marcada. Clique em Apply . Agora você deve ver o Gerenciador de plug-ins como uma entrada no menu Ferramentas.
A alteração dessa opção precisará reiniciar o Geany.