Pelo menos, acho que é algum tipo de popup. Aqui está uma captura de tela, é a caixa com o "MT" à esquerda. 
A caixa não é realmente um popup, ou pelo menos não se comporta como um - não consigo fechá-lo e ele fica sempre em cima de qualquer janela. A história que ela exibe muda. Estou executando o Chrome. Eu não vejo nada que não deveria estar lá nas extensões. Estou executando o Debian Jessie com o Gnome 3.14.1. Eu não vejo nada obviamente suspeito em processos em execução, embora eu não seja especialista. Eu reiniciei e ainda está lá. Eu acredito que não aparece até eu abrir o cromo.
EDIT: Em alguns aspectos, a caixa se comporta como se não estivesse lá: se eu clicar em certas partes dela, o clique vai agir em qualquer coisa que a caixa esteja cobrindo. Mas se eu clicar direito no texto, ele abre uma guia no chrome exibindo o artigo que a caixa está visualizando.
Essa caixa é uma notificação. Abra uma nova guia no Chrome e clique no ícone da campainha no canto superior direito. Em seguida, clique na roda dentada e desative as notificações dos horários de Moscou.
Ou, se você não tiver / não puder encontrar o ícone do sino, vá para Configurações- > Avançado- > Conteúdo- > Notificações e remova o site ofensivo da lista "Permitir".
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