É um cenário comum. Para facilitar as coisas para novatos O Ubuntu, por padrão, considera que todas as operações são feitas na Interface Gráfica do Usuário e não na Interface de Linha de Comando. No entanto, se alguém ainda usar o terminal para atualizar manualmente, a notificação será enviada sem qualquer atualização real presente. Basta clicar em OK para atualizar e você provavelmente verá que o menu pop-up diz imediatamente que seu computador está atualizado em vez de mostrar a barra de progresso da atualização.