O espaço de partição é alocado de ponta a ponta, e não o contrário.
Portanto, se o setor primeiro estiver desalinhado (desalinhado), os setores todos também serão compensados pelo mesmo valor. (Portanto, cada partição deve começar em um limite físico - o múltiplo exato depende do seu disco.)
Mas o fim da partição não tem nenhum efeito amplo. Se a partição termina no meio de um bloco físico, ela não afeta nada além de alguns setores no final (que também são muito raramente gravados, de qualquer forma). Portanto, o tamanho total de uma partição não importa.
(posso estar errado aqui.)