Eu nunca ouvi nenhuma evidência de que os discos com um SO falhem com mais freqüência do que os que não possuem. Talvez seja verdade, mas isso é irrelevante. Qualquer disco pode falhar. Existem duas formas comuns de gerenciar esse risco: RAID e backups regulares. Eles não são mutuamente exclusivos - você pode usar um ou outro, ou ambos. Se você escolher apenas uma abordagem, os backups serão um pouco mais fáceis. Você só precisa de qualquer outro armazenamento (como uma unidade externa ou um local de rede com armazenamento) e uma tarefa agendada. A velha máxima ainda é verdadeira: se os seus dados são importantes, faça o backup.
Dito isto, separar os dados do seu SO ainda é uma boa ideia. Se você tiver uma falha, seja de uma das unidades, a recuperação será mais fácil, com pelo menos alguns arquivos ainda intactos.