Aqui link é explicado ( no exemplo do cron) como você poderia implementar um programa, que faz algo a cada X segundos / minutos. Isso é feito de forma semelhante à sua abordagem.
Se a sua pergunta foi, como a CPU sabe a hora atual: Geralmente há um relógio de hardware na Mainboard, funcionando da mesma forma que um relógio de pulso de quartzo comum, que pode se comunicar com a cpu. A cpu pode perguntar a cada relógio ou a qualquer hora, qual é a hora exata. Esta é a razão pela qual normalmente há uma bateria de célula tipo moeda na placa-mãe: Para manter o relógio do hardware funcionando.