As hierarquias de arquivos fornecem a capacidade de limitar quem pode ver quais arquivos existem. Isso é feito impedindo a varredura do diretório. Os arquivos no diretório raiz ficam visíveis para todos que podem ver a unidade. Se os arquivos tiverem permissões herdadas, eles também estarão acessíveis a todos.
Normalmente, os usuários têm um diretório padrão definido para a unidade. Geralmente seu próprio diretório.
Muitos sistemas de arquivos têm um limite no número de arquivos que podem conter. Eu tive que remover um grande número de arquivos de diretórios do Windows quando eles impediram o patch. Esta é uma preocupação grave de segurança.
Dependendo da maneira como o diretório é indexado, o desempenho pode diminuir consideravelmente conforme o número de arquivos aumenta.
O próprio FTP é considerado um risco de segurança e deve ter acesso limitado ao sistema de arquivos. Configure seu servidor FTP para iniciar em um subdiretório dedicado. Se possível, configure-o para que ele possa funcionar apenas nesse subdiretório.