Os arquivos não desaparecem misteriosamente. O SSD não sabe o que é um arquivo ou pasta, nem onde está no disco. A menos que tenha havido um erro físico com o disco ou corrupção do sistema de arquivos, os arquivos não desaparecem. E se houvesse, provavelmente não seria "um projeto", mas uma infinidade de arquivos. Se um "projeto" inteiro desaparecer, é mais provável que você o tenha excluído ou movido. Não há outra alternativa.