A inclusão de um item no menu LXPanel não está relacionada ao local onde o aplicativo está instalado.
Na maioria das vezes, você deseja instalar o software do usuário em casa, se estiver isolado para um usuário, ou em /opt , se ele for compartilhado entre usuários. Veja aqui: link
Quanto ao menu LXPanel, no LXDE você faz isso criando um arquivo .desktop para o aplicativo e colocando-o em /usr/share/applications , /usr/local/share/applications ou ~/.local/share/applications .
Para criar um arquivo .desktop , o LXDE envia um utilitário chamado LXShortcut . Ele ajudará você a criar um nome para o lançador, apontá-lo para um comando e até definir um ícone.
Veja mais aqui: link