Você diz "Eu estava pensando em fazer um backup" ... Sim! Essa é a maneira de lidar com isso.
Então, você disse "mas" ...
Bem, a única maneira decente de resolver esse problema em potencial é fazer um backup. Se os backups são inconvenientes ... bem, que assim seja. Isso ainda é o que precisa acontecer se você quiser que os dados sejam protegidos.
No entanto, você também tem essa pergunta marcada como "webserver" e menciona um website. Quem está operando este servidor web? Quando trabalhei em um ISP, o ISP fez backup dos sites hospedados no equipamento do ISP. Se você estiver usando uma organização para hospedar seus servidores da Web, o backup dos dados (do cliente) poderá ser um serviço fornecido pela organização que hospedar seus servidores da Web, talvez especialmente se você estiver pagando pelo serviço. Eles podem até fornecer esse serviço gratuitamente. Vale a pena perguntar sobre isso. Se eles disserem que estão cuidando disso, então isso pode ser suficiente para necessidades informais.
Caso contrário, sua única opção respeitável pode ser investir no trabalho / despesas / em obter uma solução de maior qualidade.