Documentos digitalizados são salvos como bitmaps, não texto. Isso significa que a Adobe não pode fazer muito sobre a imagem em si. Talvez exista uma opção de "cores invertidas", como no leitor da Foxit. Como alternativa, você pode considerar tentar dar uma chance ao Foxit Reader.
Alternativas são programas que podem converter e OCR as imagens em texto e, em seguida, permitir que você altere as cores conforme está acostumado.