Seria mais seguro executar sua ventoinha da CPU diretamente da PSU, porque você não quer extrair mais do que a corrente nominal da placa-mãe.
Eu não tentei isso, mas se eu estivesse inclinado a hackeá-lo, eu poderia conectar os fios vermelho e preto à fonte de alimentação e o pino amarelo à placa-mãe (assumindo fios vermelhos, pretos e amarelos, se os fios estiverem preto amarelo e verde, preto e amarelo vão para a PSU, verde para a placa-mãe) - dessa forma eu espero que você obtenha a tensão e a corrente necessárias com segurança, e ainda assim a placa-mãe monitore a velocidade.