O Aria2 pode fazer isso se a opção -P for passada.
A partir da página de manual :
-P, --parameterized-uri[=true|false]Enable parameterized URI support.
You can specify set of parts:http://{sv1,sv2,sv3}/foo.iso. Also you can specify numeric sequences with step counter:http://host/image[000-100:2].img. A step counter can be omitted. If all URIs do not point to the same file, such as the second example above,-Zoption is required. Default:false
Para o exemplo da pergunta, o comando seria:
aria2c -P http://…/image[000-999].gif